Los caballitos de mar son depredadores de pequeños invertebrados. Poseen un sistema visual con ojos que tienen movilidad independiente entre sí, les ayudan a reconocer sus presas, pequeños crustáceos que forman parte del zooplancton. Cuando la presa se pone a su alcance es aspirada a través de su hocico óseo por medio de un rápido movimiento de su cabeza. Tragan enteras a sus presas al no disponer de dientes, y se ven obligados a consumir grandes cantidades de comida, ya que prácticamente carecen de estómago.
Gracias al hocico tan largo que tiene, el caballito de mar es capaz de consumir sus alimentos con facilidad. Come lentamente y puede dedicarle gran parte del tiempo a ello diariamente. El camarón de salmuera constituye una de sus principales fuentes de alimentación debido a que suele ser muy abundante en algunas zonas donde habita. También se alimenta de pequeños crustáceos que se encuentran flotando en la superficie del agua, o de invertebrados y larvas de peces que son nativas de un hábitat en particular. Generalmente el caballito de mar no tendrá problemas para encontrar comida suficiente en su medio natural.
Los hipocampos tienen una gran capacidad para mezclarse perfectamente con el entorno, siendo este un mecanismo que aprovechan para esperar con paciencia la llegada de sus presas sin ser vistos. Una vez que el caballito de mar realice su emboscada, la presa tendrá pocas posibilidades de escapar. Lo que puede resultar interesante es que el caballito de mar no tiene estómago, por eso es que come casi todo el tiempo ya que el proceso de digestión ocurre rápidamente. Además no tiene dientes, se traga los alimentos íntegramente, siempre y cuando quepan en su hocico.
En cautiverio los caballitos de mar consumen muchos alimentos congelados, los cuales están especialmente diseñados para asegurarse de mantenerlos saludables, incluso algunos de estos alimentos contienen antibióticos. Alimentar a los caballitos de mar sobre una base regular puede ayudar a evitar bacterias o infecciones a las que ellos son propensos y como resultado, vivirán más saludables y durante más tiempo.
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